Biomoleküler etkileşimlerin 3D bulmacalarını bütünleştirici modelleme ile çözmek

Sunucu
 

Prof. Dr. Alexandre M.J.J. Bonvin

Alexandre Bonvin (1964) İsviçre’deki Lozan Üniversitesi’nde Kimya okudu ve Hollanda’daki Utrecht Üniversitesi’nde (1993) doktora derecesini aldı. Yale Üniversitesi (ABD) ve ETHZ (İsviçre) de iki doktora sonrası dönem geçirdikten sonra 1998 yılında Utrecht Üniversitesi’ne katıldı ve 2009 yılında hesaplamalı yapısal biyoloji alanında profesör olarak atandı. 2006 yılında Hollanda Araştırma Konseyi’nden prestijli VICI bursunu aldı. Şubat 2009’dan Şubat 2012’ye kadar kimya eğitimi direktörü, 2010’dan Nisan 2012’ye kadar Kimya Bölümü başkan yardımcısı olarak görev yaptı ve Eylül 2019’dan beri Bijvoet Biyomoleküler Araştırma Merkezi’nin bilimsel direktörüdür. BioExcel Biyomoleküler Simülasyonlarda Mükemmeliyet Merkezi ve EGI-ACE projeleri de dahil olmak üzere birçok AB projesine katılmıştır. Çalışmaları 275’ten fazla hakemli yayında yayımlanmıştır.

Özet Biomoleküler etkileşimlerin 3D bulmacalarını bütünleştirici modelleme ile çözmek Alexandre M.J.J. Bonvin Utrecht Üniversitesi, Fen Fakültesi, Bijvoet Merkezi Utrecht, Hollanda Biyomoleküler makromoleküllerin dördüncül yapısının tahmini, hücresel süreçlerin temel olarak anlaşılması ve ilaç tasarımı açısından büyük önem taşımaktadır. Bütünleştirici yapısal biyoloji çağında, biyomoleküler komplekslerin yapısını tahmin etmek için kullanılan modelleme yöntemlerinin doğruluğunu artırmanın bir yolu, sürece mümkün olduğunca fazla deneysel veya tahmini bilgi dahil etmektir. Bu amaçla, https://wenmr.science.uu.nl adresinden web hizmeti olarak erişilebilen HADDOCK adlı çok yönlü bütünleştirici modelleme yazılımını geliştirdik (https://www.bonvinlab.org/software). HADDOCK, örnekleme, puanlama veya her ikisini geliştirmek için biyokimyasal, biyofiziksel veya biyoinformatik yöntemlerden elde edilen çeşitli bilgileri entegre edebilmektedir. Konuşmamda, HADDOCK etrafında son dönemdeki bazı gelişmeleri vurgulayarak, yalnızca dizilimden antikor-antijen etkileşimlerinin modellenmesi üzerine olan çalışmalar gibi çeşitli örneklerle yazılımın yeteneklerini göstereceğim. Bu sınıf kompleksler, AlphaFold2 gibi yapay zeka tabanlı yöntemler için tahmin edilmesi zor olan bir alandır.

Tarih: 17 Mayıs, 2024 – 7:00 PM (GMT+3)

Yer: Zoom

Dil: İngilizce