Hoş geldiniz!
RSG-Türkiye, Türkiye’de bilişimsel biyoloji ve biyoinformatik alanında çalışan öğrencilerin ve doktora sonrası kişilerin iletişim ve etkileşimi için bir çerçeve oluşturmayı ve genç Türk topluluğunu uluslararası meslektaşlarına bağlamayı amaçlamaktadır. Temel hedefimiz, genç bilim insanlarının bilgi ve deneyimlerini çeşitli kurumlardan paylaşacakları bir ortam sağlamak ve aralarındaki işbirliğini teşvik etmektir. Ayrıca, RSG-Türkiye, kariyerlerinin ilk yıllarında öğrencilerin ve araştırmacıların eğitim ve çalışma fırsatlarını genişletmeyi planlamaktadır.
Hesaplamalı biyoloji ve biyoinformatik nispeten yeni bir araştırma alanı olmasına rağmen, birkaç grup Türkiye’de yüksek kaliteli araştırmalar yürütmektedir ve öğrenci sayısı (lisans ve lisansüstü) araştırmacıların sayısı oldukça yüksektir. Ancak, öğrencilerin bu yüksek potansiyeli verimli tartışmalara, bilgi paylaşımına ve birbirlerinin araştırmalarından haberdar olmalarına dönüştümesi için organizasyonel bir boşluk vardır. Farklı şehirlerde ve ülke çapında düzenli olarak konferanslar ve atölyeler düzenlenmektedir. Misyonumuzdan biri bu faaliyetlere katılarak veya ilan ederek mevcut organizasyonelaçığı kapatmaktır . Bu bölgesel öğrenci konseyi (regional student council), birkaç üniversiteye hizmet verecek ve ISCB’nin Türk meslektaşı olarak algıladığımız yakın zamanda kurulan ulusal bir kuruluş olan Biyoinformatik Konseyi ile yakın bir işbirliği yapacak. Bu şekilde, bu öğrenci organizasyonu, hesaplamalı biyoloji ve biyoinformatik alanında endüstriyel ve akademik araştırmaların yapılmasına yardımcı olacaktır.
Sanayideki sınırlı uygulama yelpazesi nedeniyle, hesaplamalı biyoloji ve biyoinformatik Türkiye’deki öğrenciler arasında çok iyi bilinen bir alan değildir. Mezunları bu alana daha aşina olmaları için teşvik etmek, topluluğumuz için başka bir hedef olacaktır. Bu sayede konuyu yaygınlaştırmak için bu alanda çalışan yerli ve yabancı araştırmacılar tarafından verilen kısa konuşma serileri (webinarlar) düzenleyeceğiz. Ek olarak, hesaplamalı biyoloji ve biyoinformatiği tanıtmak için üniversitelerin öğrenci merkezlerinde bilgi masaları oluşturacağız.
about us
Biz kimiz?
RSG-Turkey is a member of The International Society for Computational Biology (ISCB) Student Council (SC) Regional Student Groups (RSG). We are a non-profit community composed of early career researchers interested in computational biology!
Ne yaparız?
So far we have organized annual symposiums across Turkey. We have ongoing webinar project on Bioinfonet to expand our knowledge with others. We also have student presentation series with a goal to promote our research area. Workshops are coming soon!
Anyone interested in computational biology & bioinformatics is welcome to join our community. We love meeting new people, join our growing network now!
0+
Years of Foundation
0+
Team Members
0+
Webinars
0+
Symposiums
- Recent Posts
- Popular Posts
Med&Omics: Hekimler için Biyoinformatik
Yazarlar: Ali Osman Çetin, Mustafa Güven, Fatma Betül Dinçaslan Hepimizin bildiği üzere yaşam bilimleri, çok disiplinli bir yapıda. Bu büyük bilgi birikimi içerisinde yaşam bilimlerini bütüncül bir bakış açısıyla anlayabilmek önem arz ediyor. Diğer disiplinler hakkında bilgi sahibi olmak, bu bütüncül bakış açısına katkıda bulunacaktır. Bizim çalışma grubumuz, özellikle klinik alanda deneyim kazanmış tıp doktoru olan ya da biyoenformatik çalışmaların medikal alanda uygulamalarını merak eden, diğer disiplinler hakkında da idaha geniş bakış açısı kazandıracak kaynakları öğrenmenin sancısını çeken arkadaşlarımızın ISCB RSG Türkiye’nin bir makale toplantısında birbirlerinden habersizce buluşmaları sonrasında ortaya çıktı. Birkaç tıp doktoru ile birkaç biyoinformatikçinin, başkaları için de..
Fatma Betul DincaslanPlot plot veri görselleştirme: Zamanda Yolculuk
Geçtiğimiz yazıda (bkz: Plot plot veri görselleştirme: Volkan Plot), verimiz kadar onun nasıl sunulduğunun veriyi ve hikayeyi doğru anlamak açısından ne kadar önemli olduğundan bahsetmiştim. Bunun yanı sıra, aynı yazının devamında bir arkadaşımın sorusu üzerine, Volkan Plot nasıl çizilir ve nasıl yorumlanır ile (kendi yüksek lisans tezimden figürle) bir örnek plot çizimi eklemiş ve ne kadar veriyi, nasıl bir plota sığdırdığımızı açıklamıştım. Şimdi ise, yakın zamanda sevgili RSG takım arkadaşlarımızla grubumuzun 10 yıllık serüvenini ve bazı çıkarımlarımızı anlatan derleme yazısı için figür arayışında iken karşılaştığım ve ufak modifikasyonlarla “RSG’nin etkinlikleri ile zamanda yolculuk” edeceğimiz görseli çizdiğim kodları* ve detaylarını (asıl..
Tek Hücre Dizileme: Az Bilinen Önemli Detaylar
Daha önce dizileme (sekanslama/sequencing) üzerine çeşitli yazılarımız oldu blogda. Tek hücre sekanslama, büyük miktarda veri girişi sağlıyor. Yöntemin hedefine göre transkriptomik, genomik, proteomik, epigenomik profili ortaya çıkarıyor. Öte yandan, şu ana kadar geliştirilen yöntemlerin perde arkasındaki tekniklerin ufak gibi gözüken ancak önemli alt teknikler üzerine bir yazı yayınlamamıştık. Bir teknik geliştirici olarak bu tür detayların hem yöntemleri hem de analizi yorumlarken bütüncül bakış açısı kazandırması açısından önemli buluyorum. Kısa Kısa Tek Hücre Dizileme Teknolojileri Tek hücre izolasyonuna (FACS, droplet microfluidics etc.) Çıktı Sayısı/Throughput (Cell, detection limit etc.) Boncuk Tipi (Bead type etc.) Yer ve Zaman (Spatial, timing info ect.) Avantajlar..
AutoDock4 kullanılarak Moleküler Docking Çalışması
Molecular Docking, Newton dinamiklerini, termodinamiksel ve kimyasal hesaplamaları kullanarak iki molekülün (Reseptör-Ligand) kimyasal ve fiziksel özelliklerine bağlı olarak oluşturabileceği en stabil yapıyı bulabilmek için, yapısal biyoloji alanında çok sık kullanılan bir yöntemdir. Moleküler Kenetlenme, hücre içinde bulunan komplekslerin (protein-protein, protein-ligand protein-antibody) anlık bir görüntüsünü bilgisayar ortamında oluşturup inceleyebilmemize olanak sağlar. Bu çalışmalar ise ilaç geliştirme çalışmalarından bir proteinin mekanizmasının anlaşılabilmesine, yeni bir ilaç adayı molekülün bulunmasına kadar birçok alanda bize bilgi sağlamaktadır. Ligand kimyası (iyonizasyon ve yapısal farklılıklar), Reseptörün esnekliği, proteinin kompleks oluştururken içinde bulunabileceği farklı konformasyonlar ve docking programlarının hesaplamada kullandığı farklı skorlama yöntemlerinin yeterliliği ise molecular docking çalışmalarında..
Alp Tegin SahinZarf Atmadan Ortalama İfade Mitine: Omik Alanının Çok Kısa Evrimi ve Tek Hücre Yöntemlerin Doğuşu
Açı/Görüş “Gestalt: something that is made of many parts and yet is somehow more than or different from the combination of its parts”(0)- bir şey pek çok parçadan oluşsa da bütünün kendisi, bu parçaların birleşiminden fazlasını ifade eder. https://www.merriam-webster.com/dictionary/gestalt “Genomics, trancriptomics, proteomics, metabolomics…”, fakat nedir bu “-omics”? Aslında bir alana dair bütünlüğü ifade eden bir kelime olarak kullanılan “omik(-omics)”in biyoloji literatüründe ilk kullanımları bir nevi “zarf atma (fishing expeditions)”(1) olarak adlandırılmıştır. Bir sonuca varmak için birbiriyle bağlantılı bir sürü olasılığın üzerinden yola çıktığınızı düşünürseniz, haklılık payı vardır. Verilerle Doğan Yeni İhtiyaçlar Maslow’un eğer bir biyolojik bilimler ihtiyaç piramidi olsaydı, en..
Örneklerle Primer Dizaynı
Covid19 ile hiç duymamış olanların bile öğrendiği bir lab tekniği olan, moleküler bioyolojide yeni bir devir açan Nobelli teknik PCR (Polymerase Chain Reaction)’dan esinlenen bir method olarak kullandığımız qPCR (quantitative PCR)’ın temelinde iyi bir primer dizaynının yattığını söylemek yanlış olmaz sanırım. Kısaca, hedeflediğiniz sekansı çoğaltmak için baştan ve sondan 15-25 nucleotid dizisi uzunluğundaki “primer”leri polimeraz enzimi için başlangıç dizisi olarak kullanıyoruz. Bir labda çalışmaya başladıktan sonra belki ilk biyoenformatik deneyiminizi gerçekleştirmenizi sağlayan NCBI-BLAST’tır. Peki, bu yoğun bilgi taşıyan siteden nasıl amaçladığımız bilgi ile çıkacağız? Lablarda sıkça kullandığımız qPCR gibi teknikler için primer dizaynına dair bazı püf noktaları sizlerle paylaşacağım. NCBI..
Lewontin Paradoksu ve Düşündürdükleri – Ergi Deniz Özsoy
Presenter Ergi Deniz Özsoy Ergi Deniz Özsoy 1967 yılında Hannover’da doğdu. 1993 yılında Hacettepe Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü’nü bitiren Özsoy, 1996 yılında yine aynı bölümde yüksek lisans tezini vererek bilim uzmanı oldu. 2002 yılında Hacettepe Üniversitesi Biyoloji Bölümü‘nde doktorasını tamamladı. Doktora deneylerini Groningen Üniversitesi GenetikBölümü Popülasyon Genetiği biriminde aldığı TÜBİTAK bursuyla tamamladı. 2000 ve 2002 yıllarında Kuzey Karolina Üniversitesi’nde istatistiksel genetik üzerine eğitim aldı. 2004 yılından itibaren çeşitli sürelerle aynı üniversitede Trudy Mackay’ın laboratuvarında kantitatif genetik ve genomik çalıştı. 2010 yılında Fullbright bursiyeri olarak Kaliforniya Üniversitesi San Diego’da Ekoloji ve Evrimsel Biyoloji Bölümü’nde araştırmalarda bulundu. Şu an Hacettepe Üniversitesi Biyoloji Bölümü’nde genotip-fenotip ilişkisinin karmaşık genetiği ve genomiği üzerine evrimsel genetik perspektif kullanarak Drosophila modelleri çerçevesinde çalışmaktadır. Ek olarak egzersiz genetiği ve genomiği, gelişim genetiği..
Batuhan ÇakırAMBER kullanarak Moleküler Dinamik Simülasyon
Moleküler Dinamik Simülasyon Nedir ? Moleküler dinamik (MD) simülasyonları, kabaca tabir etmek gerekirse, temeli klasik mekanik olarak da adlandırılan Newton’nun hareket kanunlarını kullanarak (Newton’s laws of motion) bir protein veya molekülün atomlarının zamana göre hareketini tahmin eder. Gününümüzde çok sıklıkla başvurulan bir yöntem olmasına rağmen geçmişi 1950’lere kadar dayanıyor. 1950’lerin sonunda, B. J. Alder and T. E. Wainwright tarafından ilk MD simülasyon basit gazlar üzerinde denenmiştir. Sonrasında ise 1977 sonlarında ilk defa proteinler üzerinde çalışılmaya başlanmıştır. Günümüzde bu simülasyonların kullanımını daha çok mümkün kılan üç isim Martin Karplus, Michael Levitt and Arieh Warshel “for the development of multiscale models for..
Cemil Can SaylanMetabolizmanın Matematiksel Modellenmesine Giriş
Aşağıdaki figürdeki gibi basit bir hücre düşünün: A metaboliti hücreye b1 hızında girebiliyor ve bu metabolit hücre içerisinde sırasıyla v1 ve v2 hızlarında B ve C metabolitlerine dönüşebiliyor. Aynı anda C metaboliti v3 hızında A’ya geri dönüşebiliyor. Tabii bütün bu dengeyi enzim kinetiklerini hesaba katmadan ve kütle dengesinin sağlandığını varsayarak kurmalıyız (bu cümle yazının devamında daha anlamlı hale gelecektir). Yapacağımız diğer bir varsayım da hücrenin steady-state (kararlı durumda) olduğudur. Bu varsayımımız üzerine A metaboliti üzerinden geçen bütün reaksiyonları bilir hale geliyoruz ve A’nın üretildiği hızda tüketildiğini kabul ettiğimiz için aşağıdaki diferensiyel denklemi yazabiliyoruz: Diğer bir deyişle, yukarıdaki denklemi yazarak hücre..
Handan ÇetinPlot plot veri görselleştirme: Volkan Plot
Renklerin İfade Etmek İstedikleri Veri görselleştirme, verinin kendisi kadar önemli bir alan. Bilgiyi alıcıya aktaracak olan bu görseller. Kaldı ki bizler gibi büyük veri (big data & meta data) ve birçok disiplini bir araya toplayan disiplinlerarası (interdisciplinary) çağında yaşayan bilim insanları için, “araştırma hikayesini” anlatabilmenin en önemli yollarından biri de bu görsel sunum şölenleri olan veri görselleştirmeler. Kişisel olarak da bilimin en renkli ve eğlenceli hallerinden biri olarak tanımlıyorum. Her gördüğüm yeni plot türünü deneme fırsatı yakalacağım o anı bekliyorum. Öte yandan, o kadar çok plot türü var ki insan hangisini hangi veri için seçeceği konusunda zorlanıyor. Bu konuda grubumuzun..
Plot plot veri görselleştirme: Volkan Plot
Renklerin İfade Etmek İstedikleri Veri görselleştirme, verinin kendisi kadar önemli bir alan. Bilgiyi alıcıya aktaracak olan bu görseller. Kaldı ki bizler gibi büyük veri (big data & meta data) ve birçok disiplini bir araya toplayan disiplinlerarası (interdisciplinary) çağında yaşayan bilim insanları için, “araştırma hikayesini” anlatabilmenin en önemli yollarından biri de bu görsel sunum şölenleri olan veri görselleştirmeler. Kişisel olarak da bilimin en renkli ve eğlenceli hallerinden biri olarak tanımlıyorum. Her gördüğüm yeni plot türünü deneme fırsatı yakalacağım o anı bekliyorum. Öte yandan, o kadar çok plot türü var ki insan hangisini hangi veri için seçeceği konusunda zorlanıyor. Bu konuda grubumuzun..
Tek Hücre Dizileme: Az Bilinen Önemli Detaylar
Daha önce dizileme (sekanslama/sequencing) üzerine çeşitli yazılarımız oldu blogda. Tek hücre sekanslama, büyük miktarda veri girişi sağlıyor. Yöntemin hedefine göre transkriptomik, genomik, proteomik, epigenomik profili ortaya çıkarıyor. Öte yandan, şu ana kadar geliştirilen yöntemlerin perde arkasındaki tekniklerin ufak gibi gözüken ancak önemli alt teknikler üzerine bir yazı yayınlamamıştık. Bir teknik geliştirici olarak bu tür detayların hem yöntemleri hem de analizi yorumlarken bütüncül bakış açısı kazandırması açısından önemli buluyorum. Kısa Kısa Tek Hücre Dizileme Teknolojileri Tek hücre izolasyonuna (FACS, droplet microfluidics etc.) Çıktı Sayısı/Throughput (Cell, detection limit etc.) Boncuk Tipi (Bead type etc.) Yer ve Zaman (Spatial, timing info ect.) Avantajlar..
2018 RSG Türkiye Etkinlikleri
2019 yılı hızla yaklaşırken, 2018 yılında neler yaptık kısaca özetlemek istedik! Bu yıl, etkinliklerimizin hız kazanmasıyla aktif üye grubumuzda ciddi bir artış oldu, Türkiye içinde farklı illerden ve üniversitelerden aramıza arkadaşların katılmasıyla etkinlik yelpazemiz genişledi ve farklı bakış açıları kazandık! 2018 Öğrenci Sempozyumu: Her yıl olduğu gibi zorlu bir organizasyon döneminden sonra çok keyif aldığımız, çok yararlı bulduğumuz bir sempozyum gerçekleştirdik. Bu yıl hem yeni arkadaşlarla tanışıp büyüdük, hem de daha önce denemediğimiz kariyer oturumu gibi kimi etkinlikleri denedik. İnanılmaz olumlu bir geri dönüş aldık ve gelecek sene için planlarımızı yapmaya başladık bile! Sempozyum detaylarını buradan okuyabilirsiniz. 2018 HIBIT organizasyon komitesine..
RSG TurkeyMetabolizmanın Matematiksel Modellenmesine Giriş
Aşağıdaki figürdeki gibi basit bir hücre düşünün: A metaboliti hücreye b1 hızında girebiliyor ve bu metabolit hücre içerisinde sırasıyla v1 ve v2 hızlarında B ve C metabolitlerine dönüşebiliyor. Aynı anda C metaboliti v3 hızında A’ya geri dönüşebiliyor. Tabii bütün bu dengeyi enzim kinetiklerini hesaba katmadan ve kütle dengesinin sağlandığını varsayarak kurmalıyız (bu cümle yazının devamında daha anlamlı hale gelecektir). Yapacağımız diğer bir varsayım da hücrenin steady-state (kararlı durumda) olduğudur. Bu varsayımımız üzerine A metaboliti üzerinden geçen bütün reaksiyonları bilir hale geliyoruz ve A’nın üretildiği hızda tüketildiğini kabul ettiğimiz için aşağıdaki diferensiyel denklemi yazabiliyoruz: Diğer bir deyişle, yukarıdaki denklemi yazarak hücre..
HIBIT 2017 Ardından
Bir baska eglenceli RSG Turkey etkinligini arkada birakirken, yeni arkadaslarimizla tanismanin ve gelecekte guzel isler yapabilme ihtimallerinin dogmasinin heyecanini sizlerle paylasmak istedik. 28 – 30 Haziran tarihleri arasinda duzenlenen HIBIT 2017’ye (http://hibit2017.ii.metu.edu.tr/) uydu toplanti olarak gerceklestirdigimiz RSG Turkey sempozyumumuz oldukca iyi bir katilimla sonlandi. 28 Haziran’da harika bir etkinlik olarak baslayan HIBIT’17, 3 gun boyunca gerek davetli, gerek secilen konusmalari ve poster sunumlariyla bizlere iyi kalitede bir bilimsel etkinlik zevkini yasatirken, 30 Haziran’da gerceklestirdigimiz ogrenci sempozyumumuz sayesinde daha sicak bir ortamda, ogrencilere yonelik yonlendirici / motivasyon icerikli konusmalar ve tanisma oturumumuz sayesinde birbirimizi daha iyi tanidik, ileriye yonelik calismalarimiz icin moral..
Does My Business Need a Director of Training?
Lorem Ipsum is simply dummy text of the printing and typesetting industry. Lorem Ipsum has been the industry’s standard dummy text ever since the 1500s, when an unknown printer took a galley of type and scrambled it to make a type specimen book. It has survived not only five centuries, but also the leap into electronic typesetting, remaining essentially unchanged. It was popularised in the 1960s with the release of Letraset sheets containing Lorem Ipsum passages, and more recently with desktop publishing software like Aldus PageMaker including versions of Lorem Ipsum. It is a long established fact that a reader..
AMBER kullanarak Moleküler Dinamik Simülasyon
Moleküler Dinamik Simülasyon Nedir ? Moleküler dinamik (MD) simülasyonları, kabaca tabir etmek gerekirse, temeli klasik mekanik olarak da adlandırılan Newton’nun hareket kanunlarını kullanarak (Newton’s laws of motion) bir protein veya molekülün atomlarının zamana göre hareketini tahmin eder. Gününümüzde çok sıklıkla başvurulan bir yöntem olmasına rağmen geçmişi 1950’lere kadar dayanıyor. 1950’lerin sonunda, B. J. Alder and T. E. Wainwright tarafından ilk MD simülasyon basit gazlar üzerinde denenmiştir. Sonrasında ise 1977 sonlarında ilk defa proteinler üzerinde çalışılmaya başlanmıştır. Günümüzde bu simülasyonların kullanımını daha çok mümkün kılan üç isim Martin Karplus, Michael Levitt and Arieh Warshel “for the development of multiscale models for..
RSG Turkiye’den Haberler (2017->2018)
Takvimde bir yili daha geride birakmisken, gectigimiz yil neler yaptik, bu yil icin planlarimiz neler sizlerle paylasmak istedik! 2017’de neler yaptik? 2017 disardan durgun gozukmus olsa da RSG Turkiye’de ciddi adimlarin atildigi, gelismelerin oldugu bir yildi. Aramiza bir cok yeni arkadas katildi. Turkiye’de hesaplamali biyoloji camiasinin buyumesine birebir tanik oluyor, ve bundan cok da guzel faydalaniyoruz! Sayimiz arttikca artik yeni etkinlikler duzenleyebiliyor, farkli seyler deneyebiliyoruz. Online ogrenci sunumlari serisi: 2017’de demosunu yaptigimiz bu etkinlikte, grup uyelerimiz kendi projelerini veya ilgilendikleri makaleleri internet uzerinden sunuyor, online olarak katilimcilarla tartisiyor. Bilim insanlari arasi diyalog ve isbirliginin gelistirilmesi, grubumuzun en temel motivasyonlarindan biri,..
Going to Start Digital Business?
Lorem Ipsum is simply dummy text of the printing and typesetting industry. Lorem Ipsum has been the industry’s standard dummy text ever since the 1500s, when an unknown printer took a galley of type and scrambled it to make a type specimen book. It has survived not only five centuries, but also the leap into electronic typesetting, remaining essentially unchanged. It was popularised in the 1960s with the release of Letraset sheets containing Lorem Ipsum passages, and more recently with desktop publishing software like Aldus PageMaker including versions of Lorem Ipsum. It is a long established fact that a reader..
Lewontin Paradoksu ve Düşündürdükleri – Ergi Deniz Özsoy
Presenter Ergi Deniz Özsoy Ergi Deniz Özsoy 1967 yılında Hannover’da doğdu. 1993 yılında Hacettepe Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü’nü bitiren Özsoy, 1996 yılında yine aynı bölümde yüksek lisans tezini vererek bilim uzmanı oldu. 2002 yılında Hacettepe Üniversitesi Biyoloji Bölümü‘nde doktorasını tamamladı. Doktora deneylerini Groningen Üniversitesi GenetikBölümü Popülasyon Genetiği biriminde aldığı TÜBİTAK bursuyla tamamladı. 2000 ve 2002 yıllarında Kuzey Karolina Üniversitesi’nde istatistiksel genetik üzerine eğitim aldı. 2004 yılından itibaren çeşitli sürelerle aynı üniversitede Trudy Mackay’ın laboratuvarında kantitatif genetik ve genomik çalıştı. 2010 yılında Fullbright bursiyeri olarak Kaliforniya Üniversitesi San Diego’da Ekoloji ve Evrimsel Biyoloji Bölümü’nde araştırmalarda bulundu. Şu an Hacettepe Üniversitesi Biyoloji Bölümü’nde genotip-fenotip ilişkisinin karmaşık genetiği ve genomiği üzerine evrimsel genetik perspektif kullanarak Drosophila modelleri çerçevesinde çalışmaktadır. Ek olarak egzersiz genetiği ve genomiği, gelişim genetiği..