Tümörlerdeki Ardışık Kısa Tekrar Dizileri ve İmmünoterapi

Temmuz ayında gerçekleştirdiğimiz webinar; Lozan Üniversitesi, Hesaplamalı Biyoloji Departmanından Tuğçe Bilgin Sonay tarafından verildi. Bu oturumda Tuğçe, kendi çalışmalarının yanı sıra dünyada bu alanda nasıl çalışmalar yapıldığı hakkında bilgi verdi.

Konuşmanın başında kısa tekrar dizilerine (KAT) nasıl bakıldığı, KAT’ların fenotip, gen ifadesi, epigenetik üzerine etkileri hakkında genel bir giriş yaptı. Konuşmanın odak noktaları ise: (1) Tümörlerde, DNA onarım mekanizmalarının çalışmamasından dolayı KAT mutasyonlarının daha fazla görülmesi ile oluşan, mikrosatelit instabilitesi (İng. Microsatellite Instability, MSI) olarak adlandırılan tümörlerde KAT’ların nasıl belirlendiği, (2) bu tümörlerde KAT mutasyonlarının etkilerinin belirlenmesi ve (3) belirlenen etkilerin immünoterapi de nasıl kullanıldığı üzerineydi.

Ardışık kısa tekrar dizilerinin kanser üzerinde etkileri ve tedavi yöntemlerinde nasıl kullandığıyla ilgileniyorsanız, bu webinarı mutlaka izlemenizi öneriyoruz. Webinarı dinlemek için: https://youtu.be/GmjwyTZinjU

Bu güzel webinar için RSG Turkey olarak Tuğçe’ye çok teşekkür ediyoruz.

Beyin metabolizmasının genom ölçeğinde modellenmesi ve hastalıklara uygulamaları

Son webinarimiz 11 Haziran’da, Gebze Teknik Universitesi Biyomuhendislik Bolumu’nden Doc. Dr. Tunahan Cakir tarafindan verildi. En yuksek ilginin oldugu webinarlardan biri olan bu oturumda, genel olarak hücre içi moleküler ağların ve moleküler verilerin birlikte genom ölçeğinde modellenmesi ve metabolizma incelemelerinde kullanilmasi hakkinda bilgi verildi. Konusmanin odak noktalari ise 1) beyindeki iki önemli hücre tipi olan nöron ve astrosit hücrelerinin metabolizması ve etkilesimi, 2) nörodejeneratif hastalıklara ait transkriptom verilerinin beyine özgü metabolik ağa çizge tabanlı bir yöntem kullanılarak haritalanması, 3) beyin tümörlerinin hücre metabolizmasına etkisini literatürde kısıt-tabanlı yaklaşım olarak bilinen akı dengesi analizi (İng. Flux Balance Analysis) yontemi ile incelenmesiydi.

Eger canli oturumu kacirdiysaniz veya tekrar dinlemek isterseniz, Youtube uzerinden ulasabilirsiniz: https://youtu.be/z8MV-eu65zI

Sunum_screenshot

Bu aydinlatici webinar icin tum takipcilerimiz adina Tunahan Cakir hocamiza cok tesekkur ediyoruz!

Evolutionary Genomics for Conservation and Biodiversity – Ismail Saglam

Son webinarimiz 16 Nisan’da Hacettepe Universitesi’nden Dr. Ismail Saglam tarafindan verildi. Bu ilginc oturumda, evrimsel genomik ve hesaplamali calismalarin koruma biyolojisi ve biyocesitlilik calismamiza nasil yardimci olabilecegi hakkinda bilgi edindik. Ismail hem alandaki genel yontem ve sorulari ozetledi, hem de Turkiye ve Amerika’daki cesitli laboratuvarlar ile beraber yuruttugu calismalari hakkinda bilgi verdi. Ozellikle 1) degisik evrimsel modelleri test edip cesitliligi etkileyen faktorleri anlamamiz icin, 2) koruma stratejilerini belirlemede turlerin evrimsel gecmisini kesfetmemiz icin, ve 3) adaptasyonun evrimsel temellerini anlamamiz icin, genomik calismalarin nasil yardimci olabilecegini ornekledi ve acikladi.

Benim icin en ilginc olan yorumlardan birisi, sunumun sonlarina dogruydu. Evrimsel genomikten ‘uygulamali alan’ olarak bahsetti. Bir cogumuz evrimsel dusunceyi, biyolojik olgulara daha filozofik bir yaklasim olarak dusunme egilimindeyiz, ancak Ismail sunumunda, kronik kompleks hastaliklar gibi bir cok kuresel problemin fenotip, genotip, ve cevre uyumsuzlugu ile aciklanabileceginden ve bu problemlerin de evrimsel genomik sorulari olarak tekrar sekillendirilebileceginden bahsetti. Bu konu sunumun sonlarinda yer alan ufak bir yorumdu sadece, ama benim icin evrimsel biyoloji egitiminin onemini ve gunumuzdeki bilim fonlarinin seklini yeniden dusunmemi saglayan onemli bir yorum oldu.

Eger canli oturumu kacirdiysaniz, endiselenmeyin. Youtube uzerinden hala izleyebilirsiniz: https://youtu.be/PzRpvKu8GMk

Bu aydinlatici webinar icin tum takipcilerimiz adina Ismail’e cok tesekkur ediyoruz!

2018’in İlk Weibarı! Integrative Modeling of Biomolecular Complexes

Webinar serimizi yeniden canlandırdığımız için çok heyecanlıyız! Bu senenin ilk webinarını 31 Ocak’ta İzmir Biyotıp ve Genom Enstitüsü (İBG-İZMİR) ’nden Dr. Ezgi Karaca ile gerçekleştirdik.

Kendisi Yapısal Biyoloji’de ki temel tekniklerden, data tiplerinden ve deneysel yapısal biyoloji datalarının biyomolekül simülasyonları ile nasıl birleştirildiğinden bahsetti. Özellikle, kendisinin de geliştiricisi olduğu bir “docking” programı olan HADDOCK ve Nature Methods’ta “integrative modeling” üzerine yayınlanan çalışmasında bahsederek hesaplamalı yapısal biyolojiye olan merakımızı daha da arttırdı! Webinarımıza yaklaşık olarak 100 kişi kaydoldu ve planımız bu sayıyı oldukça arttırmak ve kısa zamanda daha çok kişiye ulaşmak!

Bu geniş kapsamlı bilgilendirici seminer için ve webinar projemize destek verdiği için kendisine çok teşekkür ederiz 🙂 Eğer siz de hesaplamalı yapısal biyolojiyi merak ediyorsanız, bu webinarımıza şu linkten ulaşabilirsiniz:

https://www.bigmarker.com/bioinfonet/EzgiKaraca

Bir sonraki webinarlarımızı iple çekiyoruz!

RSG-Turkey is a member of The International Society for Computational Biology (ISCB) Student Council (SC) Regional Student Groups (RSG). We are a non-profit community composed of early career researchers interested in computational biology and bioinformatics.

Contact: turkey.rsg@gmail.com

Sosyal medyada bizi takip edin!