Sunucu
Aashil A. Batavia
Aashil Batavia, lisans derecesini 2014 yılında Manchester Üniversitesi Biyomedikal Bilimler Bölümü’nden almıştır. Tezi sırasında, mutasyon oranı plastisitesi, evrimleşebilirlik ve sağlamlık arasındaki ilişkiye dair içgörü kazanmak için in silico deneysel evrim uyguladı; bu da onu ilk kez biyomedikal araştırmalar için hesaplamalı yaklaşımlara maruz bıraktı. 2015 yılında, Biyoinformatik ve Sistem Biyolojisi alanında yüksek lisans derecesi aldığı Manchester Üniversitesi’ne dönmeyi tercih etti. Burada, biri insan varyantlarının Prpf8’in yapısı ve işlevi üzerindeki etkisini değerlendiren iki araştırma projesini tamamladı; mutasyonların retinitis pigmentosa’ya neden olduğu gösterilmiştir. Bu çalışma, 2017 yılında İsviçre’ye taşınmasının yolunu açtı ve burada USZ Patoloji ve Moleküler Patoloji Enstitüsü ve ETH Zürih Biyosistem Bilimi ve Mühendisliği Bölümü’nde doktorasına başladı. Bir ayağı hem hesaplamalı hem de deneysel dünyalarda olan yazarın mevcut çalışması, vahşi tip von Hippel-Lindau (wtVHL) berrak hücreli renal hücreli karsinom olarak adlandırılan nadir bir renal hücreli karsinom formunun multi-omik değerlendirmesine odaklanmaktadır.
Özet
Kanserler çok karmaşık ve heterojen bir hastalık kümesidir ve bu nedenle kanser araştırmaları hiçbir şekilde önemsiz değildir. Belirli bir tümör türünün moleküler yapısını ne kadar iyi anlarsak, büyümesi ve yayılmasıyla mücadele etmek için o kadar donanımlı hale geliriz. Kamuya açık multi-omik veri setleri bu anlayışı ilerletmek için değerli bir kaynak sağlamaktadır. Bu veri setleri, yeni çalışma alanlarının belirlenmesi, sonuçların doğrulanması ve yeni istatistiksel yöntemlerin kıyaslanması/değerlendirilmesi için yaygın olarak kullanılmaktadır. Kanser Genom Atlası (TCGA), 33 kanser türünde 11.000 hastadan oluşan veri havuzuyla böyle bir veri seti sağlamaktadır. Bu zengin kaynak, hem tümöre özgü hem de pan-kanser ortamındaki araştırmalara yardımcı olmaktadır. Bu web seminerinde, Kanser Genom Atlası havuzuna erişmenin çeşitli yollarını, mevcut çoklu veri türlerinde gezinmeyi ve ilgilendiğim tümörlerin (renal hücreli karsinomlar) multi-omik değerlendirmesi (tekli ve entegre) için kullandığım araçları tanıtacağım.
Tarih: 5 Mayıs, 2020 – 3:00 pm (GMT+3)
Dil: İngilizce
Webinara buradan kayıt olabilirsiniz:
https://www.bigmarker.com/bioinfonet/Accessing-Multi-omics-Data-for-the-Purposes-of-Tumour-Profiling