Hesaplamalı Yapısal Biyolojiye Giriş Sanal Çalıştayı
Burada 18-19 Aralık 2021 tarihlerinde gerçekleştireceğimiz “Hesaplamalı Yapısal Biyolojiye Giriş Sanal Çalıştayı” başlıklı yeni çalıştayımızı sunuyoruz. Çalıştayımız Covid19 nedeniyle online (Zoom üzerinden) gerçekleştirilecektir. Bu nedenle yapısal biyoloji, protein yapısı, protein-protein kenetlenmesi, protein-ligand kenetlenmesi ve moleküler modelleme simülasyonu ile ilgilenen araştırmacıları bu sanal çalıştaya kaydolmaya teşvik ediyoruz. Çalıştay iki ana oturum halinde gerçekleştirilecektir. Çalıştayın ilk günü teori bölümleriyle başlayacak ve protein yapısının belirlenmesi ve moleküler yerleştirme konusundaki deneysel teknikleri kapsayacak. Teori bölümünün ardından protein yapı dosyalarının, moleküler görselleştirme araçlarının ve moleküler yerleştirmenin HADDOCK, SWISS ve PRISM kullanılarak uygulanmasının açıklanmasına dayalı uygulamalı bölümle devam edeceğiz. İkinci gün, moleküler modelleme ve simülasyonun teori bölümünü, NAMD simülasyonu uygulamasına ve MD simülasyon verilerinin analizine dayalı uygulamalı bölümle birlikte sunacak. Atölye sanal parti ve networking oturumuyla sona erecek.
Teorik Bölümlerin Eğitmenleri:
Doç.Dr. Burak V. Kabasakal
Türk Hızlandırıcı ve Işınım Laboratuvarı (TARLA), Ankara University
Teori: Protein Yapısının Belirlenmesine Yönelik Deneysel Yöntemler
Protein yapısının belirlenmesinde kullanılan deneysel teknikler sunulacaktır. Yüksek çözünürlüklü yapı belirleme yöntemleri; X-ışını Kristalografisi, Kriyojenik elektron mikroskobu (Cryo-EM), Nükleer manyetik rezonans spektroskopisi (NMR) ve tamamlayıcı düşük çözünürlüklü yöntem Küçük Açılı X-ışını Saçılımı (SAXS) açıklanacaktır.
Doç. Dr. Saliha Ece Acuner
Biyomühendislik Departmanı İstanbul Medeniyet University
Teori: Moleküler ve Makromoleküler Kenetlenme
Proteinler çeşitli işlevleri yerine getirerek hücre için gereklidir ve nadiren tek başına hareket ederler. Proteinlerin diğer moleküllerle etkileşimleri deneysel olarak belirlenebilir, ancak basit ve büyük ölçekli yöntemler yalnızca bir çiftin etkileşime girip girmediğini tespit edebilir. Ancak kompleksin yapısal detayları etkili ilaç tasarımı için çok önemlidir. Kompleksin yapısı deneysel olarak belirlenebilir ancak eğer kompleks geçici olarak etkileşiyorsa bu uzun zaman alır ve bazen imkansızdır. Moleküler modelleme, özellikle yerleştirme, protein-küçük molekül, protein-protein veya protein-nükleik asit kompleks yapılarını hesaplamalı olarak tahmin ederek bu sorunu çözmeyi amaçlamaktadır.
Prof. Dr. E. Demet Akten Akdoğan
Bioinformatics and Genetics Departmanı Kadir Has University
Teori: Hücrelerdeki Dev İşçiler: Proteinler ve Bunların Özel Dinamik Yapıları
Proteinler, binlerce atomdan oluşan ve hücrelerde farklı işlevlere sahip, farklı türlerde uzun polimerik zincirlerdir. Deneysel yöntemler bu dev moleküllerin yalnızca anlık görüntüsünü sağlayabilirken, atomistik bir model kullanan Moleküler Dinamik (MD) simülasyonu, her bir atomun zaman içindeki hareketini bilgisayar ortamında kaydedebilir. Fizik tabanlı bir etkileşim modeli tanıtılarak, GPCR (G-Protein Eşleşmiş Reseptör) protein ailesi üzerinde gerçekleştirilen bir simülasyonun analizi sunulacaktır. Konuşmanın ikinci bölümünde proteinin dinamik yapısının önemli bir parçası olan allosterik (uzaktan kumandalı) özelliği tanıtılacak. Glikolitik enzimler için konakçı organizma yerine sadece bakteri veya parazitleri hedef alacak ilaç geliştirme çalışmalarında allosterik bilginin nasıl kullanılabileceği sunulacaktır.
Kayıt