Sunucu
Özge Gizlenci
Özge Gizlenci, Türkiye’deki Orta Doğu Teknik Üniversitesi’nden Moleküler Biyoloji ve Genetik alanında lisans derecesini aldı. 2015 yılında mezun olduktan sonra, Heidelberg Üniversitesi’nde Kanser Biyolojisi alanında uzmanlaşarak Moleküler Biyobilimler yüksek lisans derecesine devam etti. Yüksek lisans programı sırasında, Dr. Christian Brendel ve Dr. David A. Williams’ın Dana-Farber/Boston Çocuk Hastanesi Kanser ve Kan Bozuklukları Merkezi’ndeki laboratuvarlarında gen düzenleme ve kök hücreler üzerine ortak bir proje başlatmak için bir dönem yurt dışında geçirdi. Mezuniyet öncesinde araştırmacı olarak Dr. Christian Brendel ile çalışmak üzere Dana-Farber’a geri döndü. Dana-Farber’da, Schwachman-Diamond Sendromu hastalığındaki hastalık yapıcı bir mutasyonu düzeltmek için baz düzenleme yöntemini kullandı ve daha sonra bunu gen terapisi yaklaşımlarına uyguladı. Ekim 2018’de, Avrupa Birliği’nin Horizon 2020 araştırma ve inovasyon programının COSMIC konsorsiyumu kapsamında Marie Skłodowska-Curie Hareketliliği tarafından finanse edilen Babraham Enstitüsü’nün İmmünoloji Programı’nda doktora pozisyonuna başladı. Dr. Martin Turner ile yürüttüğü doktora projesi, uzun okuma yeni nesil dizileme teknolojileri (örneğin, Oxford Nanopore Teknolojisi) kullanarak germinal merkezde pozitif seçilim sinyallerine yanıt olarak B hücrelerindeki gen ekspresyonu ve alternatif ekson dizilimi değişikliklerini anlamaya odaklanmaktadır. B hücresi malignitesi ve Romatoid Artrit’te anormal işleyen adaptif immün hücreler ile alternatif ekson dizilimi arasındaki ilişkiyi hem hesaplamalı hem de moleküler biyoloji yaklaşımlarıyla araştırmayı amaçlamaktadır.
Özet
Alternatif ekson dizilimi (AS), bağışıklık yanıtı sırasında bağışıklık hücrelerinin farklılaşmasında önemli bir rol oynar çünkü AS genlerinin %29’u bağışıklık sistemine özeldir. AS’in rolü T hücrelerinde kapsamlı bir şekilde araştırılmasına rağmen, B hücre aktivasyonundaki rolü daha az karakterize edilmiştir. İnsan germinal merkez B hücrelerinin hem gen hem de izoform seviyelerinde transkripsiyon sonrası düzenlemeyi anlamak için uzun okuma teknolojisi, Oxford Nanopore Technologies (ONT) iş akışını geliştirmeyi amaçladık. ONT’nin zorluklarından biri izoformların doğru hesaplamalı analizidir, bu nedenle uzun okuma dizileme kullanarak farklı ekson dizilim varyantlarını belirlemek için ‘Nexons’ adlı bir iş akışı geliştirdik. Nexons ile yapılan derinlemesine bir ekson dizilim düzenleyicileri analizi, aktivasyon üzerine ekson dizilim faktörlerinin (örneğin SRSF3) zehirli eksonlarının tercihli olarak çıkarıldığını, oysa naif B hücrelerinin zehirli ekson taşıyan izoformları ifade ettiğini ve bu durumun anlamsız arabuluculu mRNA yıkımına yol açtığını ortaya çıkardı. Ayrıca, kısa okuma teknolojisinin sınırlamaları nedeniyle kısa okuma verileri kullanılarak çözümlenmesi zor olan bu genlerin yeni ekson dizilim varyantlarını tanımladık. Sonuç olarak, bulgularımız Nexons’un ONT cDNA-PCR dizileme ile kombinasyonunun, karmaşık izoformların tanımlanması ve nicelenmesi için uygun bir yöntem olduğunu doğrulamaktadır.
Tarih: 20 Mayıs, 2022 – 10:30 AM (GMT+3)
Dil: İngilizce
Buradan kayıt olabilirsiniz !