Cansu Dinçer
Büyük ölçekli genetik taramalardan ortaya çıkan yeni bir tema, bir hücrenin sağlığı için esansiyel genleri belirleyen, verilen bir genden esansiyellik kavramının oldukça bağlamsal ve genetik ile çevresel faktörlere bağlı olduğudur. Bu tür bağlamların tanımlanması, genin işlevini belirleme ve yeni terapötik müdahaleler geliştirme anahtarı olabilir. Burada CEN-tools (Bağlamsal Esansiyellik Ağı Araçları) adlı bir web sitesi ve ona eşlik eden bir Python paketi sunuyoruz. Bu platformda, kullanıcılar geniş çaplı CRISPR taramalarından elde edilen genombüyüklüğünde genetik bağımlılık verilerini sorgulayabilirler. Sorgular biyolojik bağlamlar arasında doku kökeni, mutasyon profilleri, ekspresyon düzeyleri ve ilaç tepki seviyeleri gibi faktörleri içerebilir. CEN-tools’un hem genetik bağımlılıkların sistemli tanımlanması hem de belirli kullanıcı seçili genlerin bağımlılıklarına yönelik hedeflenmiş sorgular için uygun olduğunu gösteriyoruz. CEN-tools içinde genler ile belirli bir bağlam arasındaki ilişkiler bağımlılık ağları (CENs) olarak temsil edilir ve bu ağların yeni gen işlevlerinin aydınlatılmasında ne kadar faydalı olduğunu gösteriyoruz. Ayrıca, bağımlılık ağlarını mevcut protein-protein etkileşim ağlarıyla entegre ederek kanser hücrelerinde bağlamsal bağımlı esas hücresel yolları ortaya çıkarıyoruz. Tüm bu çalışmalarla, CEN-tools’un insan hücresel bağımlılık haritasının tanımlanmasına yardımcı olma çabalarında nasıl kullanılabileceğini gösteriyoruz.
Tarih: 27 Şubat, 2021 – 6:00 pm (GMT+3) Dil: İngilizce
Webinara kayıt olmak için: https://www.bigmarker.com/bioinfonet/CEN-tools-An-Integrative-Platform-to-Identify-the-Contexts-of-Essential-Genes