Sunucu
Afshan Nabi
Afshan, OccamzRazor’da makine öğrenimi mühendisidir. Sabancı Üniversitesi’nde Bilgisayar Bilimleri alanında yüksek lisansını ve Bilkent Üniversitesi’nde Moleküler Biyoloji ve Genetik alanında lisansını tamamlamıştır. Hesaplamalı biyolojideki problemleri çözmek için makine öğrenimini uygulamakla ilgilenmektedir.
Özet
Uzun kodlamayan RNA’lar (lncRNA’lar), kodlamayan RNA’ların (ncRNA’lar) en büyük sınıfıdır. Bununla birlikte, son deneysel kanıtlar bazı lncRNA’ların işlevsel mikropeptitlere çevrilen küçük açık okuma çerçeveleri (sORF’ler) içerdiğini göstermiştir. Yanlış tanımlanmış lncRNA’ları tespit etmek için mevcut yöntemler, pahalı ve hücre tipine bağlı olan ribozom profilleme (ribo-seq) deneylerine dayanmaktadır. Belirli bir lncRNA transkriptinin yanlış tanımlanıp tanımlanmadığını belirlemek için derin öğrenme modellerinin eğitim dinamiklerinden yararlanan bir çerçeve sunuyoruz. Derin sıralı öğrenme modellerimiz, kodlamayan ve kodlayan dizileri sınıflandırmada >%91 AUC puanları ve >%93 AUPR elde ederken, veri kümesinde bulunan olası yanlış tanımlanmış lncRNA’ları belirlememize olanak tanır. Sonuçlarımız, deneysel olarak onaylanmış bir dizi yanlış tanımlanmış lncRNA’nın yanı sıra bir ribo-seq veri kümesi tarafından bulunan lncRNA’lar içindeki kodlama sORF’ları ile önemli ölçüde örtüşmektedir. Metodoloji, yanlış tanımlanmış lncRNA’lar tarafından kodlanan gizli proteomun karakterize edilmesinde deneysel çabalara yardımcı olmak ve kodlama potansiyeli tahmin edicileri oluşturmak için daha iyi veri kümeleri oluşturmak için umut verici bir potansiyel sunmaktadır.
Tarih: 14 Ekim, 2021 – 6:00 PM (GMT+3)
Dil: İngilizce
Webinara buradan kayıt olabilirsiniz !