Sunucu
Dr. Evangelia Petsalaki
Dr. Evangelia Petsalaki, Atina’da doğmuştur. Lisans eğitimini Atina Üniversitesi’nde Biyoloji bölümünde tamamlamış ve proteinlerin hücre içi konumunu tahmin etmek için sinir ağlarının kullanılması üzerine bir tez yazmıştır. Daha sonra Heidelberg’deki EMBL’ye taşınmış ve Rob Russell’ın gözetiminde, protein yapılarında peptit bağlanmasını tahmin etmeye odaklanan yapısal biyoinformatik alanında doktora (2009) yapmıştır. Doktora sonrası araştırmalarını Tony Pawson ve Fritz Roth’un gözetiminde yürütmüş ve Rho sinyalleşmesi, proteomik, fosfoproteomik ve maya genetiği gibi çeşitli projelerde çalışmıştır. 2017 yılından bu yana, EMBL-EBI’de araştırma grubu lideri olarak görev yapmakta ve grubu, insanların bağlama özgü hücre sinyalleşme tepkilerini anlamaya yönelik temel ilkeleri, ağırlıklı olarak ağ tabanlı yaklaşımlar kullanarak incelemektedir.
Özet
Çalışmalarımız, farklı ve bağlama özgü hücresel tepkileri yönlendiren hücre sinyalleşmesinin organizasyon ilkelerini anlamaya odaklanmaktadır. Geleneksel doğrusal yollar, özellikle doku tipi ve genetik arka plan gibi faktörler dikkate alındığında, bu ağların karmaşıklığını yakalamakta genellikle yetersiz kalır.
Bu konuşmada, grubumuzun omiks veri setlerinden aktif ağ imzaları çıkarmak için geliştirdiği ağ tabanlı yöntemleri sunacağım. Bu yöntemler, koşula özgü sinyalleşme ağlarını ve bunların fenotipik etkilerini incelemeyi mümkün kılmaktadır.
Ayrıca, farklı bağlamlarda gen esansiyelliğini keşfetmek için tasarlanmış, entegre bir web sunucusu ve Python paketi olan CEN-tools’u tanıtacağım. Doku tipleri ve kanser mutasyonlarının bağlama özgü esansiyellik üzerindeki etkilerini çözümlenmek amacıyla geliştirdiğimiz doğrusal modeli de ele alacağım. Bu sayede hücre sinyalleşmesine dair anlayışımızdaki boşlukları doldurmayı hedefliyoruz
Tarih: 16 Temmuz, 2024 – 4:00PM (GMT+3)
Yer: Zoom
Dil: İngilizce