Tek Hücre Analizine Giriş Çalıştayı

RSG Türkiye uygulamalı çalıştaylarını düzenlemeye devam ediyor! Bir yıl içerisinde biyoinformatik ve hesaplamalı biyoloji alanında becerilerini geliştirmek isteyen genç araştırmacılar için iki farklı uygulamalı atölye çalışması düzenledik. Bunlardan ilki biyoinformatik için Python Programlama atölyesi: 25-29 Kasım 2019 tarihlerinde Ankara’da düzenlenen AnkaPy (ziyaret için: https://github.com/rsgturkey/AnkaPy ). İkinci olarak, yıllık öğrenci sempozyumu sırasında, 23-24 Ekim 2020 tarihlerinde R programlamaya giriş, R programlama ile makine öğrenmesi ve ggplot ile veri görselleştirme adlı çevrimiçi çalıştaylar düzenledik. (ziyaret için: https://github.com/rsgturkey/Workshop2020 ).

Burada, 19-20 Aralık 2020 tarihlerinde düzenlenecek olan “Tek Hücre Analizine Giriş” başlıklı yeni çalıştayımızı sunuyoruz. Çalıştayımız Covid19 nedeniyle çevrimiçi (Zoom ile) olarak gerçekleştirilecektir. Bu nedenle, Tek hücreli RNA dizileme ve Tek hücreli ATAC dizileme analizi ile ilgilenen araştırmacıları bu sanal çalıştaya kaydolmaya teşvik ediyoruz. Çalıştay iki farklı Tek hücre yaklaşımı ile yürütülecektir. Çalıştayın ilk gününde Tek hücreli RNA dizileme teknikleri ve veri analizi ele alınacaktır. İkinci gün ise scATAC-seq analizi hakkında daha spesifik yaklaşımlar ve uygulamalar sunulacaktır.

RSG Türkiye olarak eğitmenlerimize minnettarız;

E. Ravza Gür, Batuhan Çakır ve Aybuge Altay’a nazik destekleri ve değerli katkıları için teşekkür ederiz.

Çalıştayın ilk günü:

RNA dizileme (RNA-seq), yeni nesil dizileme (NGS) teknolojisini kullanarak bir örnekteki RNA moleküllerinin miktarını ölçen bir tekniktir. RNA-seq gibi transkriptomik tekniklerle, ilgilenilen yolların faaliyetleri hakkında daha fazla bilgi edinmek için koşullar arasında önemli ölçüde farklı ifade edilen genleri tespit etmek mümkündür. Yaygın bir RNA-seq türü (toplu RNA-seq olarak adlandırılır) bu hücrelerin ortalama transkriptomunu üretir, ancak hücre tipleri aynı olsa bile gen ifadeleri aynı değildir. Tek hücre teknolojileriyle, tek tek hücrelerden ilgilenilen moleküllerin seviyelerini ölçmek mümkündür. Bu teknolojilerden biri olan tek hücreli RNA-seq (scRNA-seq), her bir hücredeki RNA miktarlarını ölçmemizi sağlar. Bu atölye çalışmasında, scRNA-seq’in ne olduğunu, neden bu kadar popüler hale geldiğini ve bu teknolojinin faydalarının neler olduğunu göreceğiz. Ayrıca, Seurat adlı R paketini kullanarak scRNA-seq analizinin temel adımları hakkında bir eğitim alacağız.

Çalıştayın ikinci günü:

Memeli dokularındaki çeşitliliğin ana etkenlerinden biri gen düzenlemesidir – hücrelerin genomlarındaki bilgilerden hangi moleküllerin ifade edileceğini kontrol etme şekli. Bu çeşitli yollarla sağlanabilir. Bunlardan birinde kromatin yapısı, DNA dizisinin transkripsiyon faktörleri (TF’ler) gibi potansiyel düzenleyiciler için erişilebilir olup olmadığını belirler. ATAC-seq gibi yöntemlerle ölçülebilen bu yapı oldukça dinamiktir ve zaman içinde değişir, ancak belirli hücre türleri içinde, belirli sonuçlar çıkarmak için kullanılabilecek kalıplaşmış organizasyon modelleri vardır. Bu yöntemler bir genomun tam bir okumasını sağlarken, genellikle çok sayıda hücre gerektirir ve bu nedenle tek hücrelerin veya türlerin benzersiz özelliklerini karakterize edemezler. Bu sorunun üstesinden gelmek için, teknolojilerdeki gelişmeler tek hücreleri (sc) dizilemek için yöntemler üretilmesine yardımcı olmuştur. Bu çalıştayda scATAC-seq verilerini keşfedeceğiz: nasıl üretilir, ne tür bilgiler sağlar ve neden önemlidir? Ayrıca, yakın zamanda geliştirilen R paketi ArchR’yi kullanarak scATAC-seq verilerinin analizi için uygulamalı deneyime sahip olacağız.

Son başvuru tarihi: 12.12.2020

ÇALIŞTAY PROGRAM

REGISTRATION