Sunucu
Mehmet Ergüven
Mehmet Ergüven, lisans eğitimini protein biyokimyası alanında (Biyokimya Bölümü, Ege Üniversitesi, İzmir) 2016 yılında tamamladı. Ardından İzmir Biyotıp ve Genom Merkezi’nde hücre biyolojisi ve hesaplamalı yapısal biyoloji alanında yüksek lisans çalışmalarını yürüttü. Yüksek Lisansını 2019 yılında bitirdikten sonra aynı yerde bir yıl araştırma görevlisi olarak çalışmaya devam etti. Şu anda kemoenzimatik sentez alanında doktora çalışmalarına devam etmektedir (Cells in Motion graduate School, University of Münster, Institute for Biochemistry, Münster).
Özet
Birçok protein kinaz proliferatif yollarda görev yapmaktadır. Sonuç olarak, kinazın ATP bağlama bölgesinde meydana gelen nokta mutasyonları, yapısal olarak aktif veya ilaca dirençli bir enzime ve nihayetinde kansere yol açabilir. Teknik ve ekonomik sınırlamalar nedeniyle, bu tür mutasyonların etkisinin hızlı bir şekilde deneysel olarak araştırılması bir zorluk olmaya devam etmektedir. Bu durum, kinaz mutasyonlarının varlığında inhibitörlerin etkinliğini ölçmeye hazır olan protein-ligand bağlanma afinitesi tahmin araçlarının önemini vurgulamaktadır. Bu amaçla, burada, altı web tabanlı puanlama aracının (DSX-ONLINE, KDEEP, HADDOCK2.2, PDBePISA, Pose&Rank ve PRODIGY-LIG) kinaz mutasyonlarının inhibitörleriyle etkileşimleri üzerindeki etkisini değerlendirmedeki performanslarını karşılaştırıyoruz. Bu değerlendirme, derlediğimiz yeni bir yapı tabanlı “BINDKIN” kıyas ölçütü üzerinde gerçekleştirilmiştir. BINDKIN, kinaz-inhibitör komplekslerinin vahşi tip ve mutant kristal yapı çiftlerini ve bunlara karşılık gelen deneysel bağlanma afinitelerini (IC50, Kd ve Ki şeklinde) içerir. Çeşitli web sunucularının BINDKIN üzerindeki performansı, vahşi tip ve mutant vakaların bağlanma yakınlıklarını (ΔGs) doğrudan tahmin edemediklerini göstermektedir. Yine de, web sunucularından birkaçı bir mutasyonun ligand bağlanmasını (ΔΔGs) iyileştirdiğini veya kötüleştirdiğini yakalayabilmiştir; Ki en öngörülebilir tanımlayıcı ve DSX-ONLINE en doğru tahmin edicidir. Ki ile ilişkili kristal yapılar yerine homoloji modelleri kullanıldığında, DSX-ONLINE tahmin kapasitesini kaybetmektedir. Sonuçlar, protein kinaz nokta mutasyonlarının inhibitör bağlanması üzerindeki etkisini tahmin etmek için mevcut skorlama fonksiyonlarını geliştirmek için yer olduğunu vurgulamaktadır.
Tarih: 16 Temmuz, 2021 – 6:00 PM (GMT+3)
Dil: İngilizce
Webinara buradan kayıt olabilirsiniz !