Sunucu
Özet
Alternatif ekson dizilimi (AS), bağışıklık yanıtı sırasında bağışıklık hücrelerinin farklılaşmasında önemli bir rol oynar çünkü AS genlerinin %29’u bağışıklık sistemine özeldir. AS’in rolü T hücrelerinde kapsamlı bir şekilde araştırılmasına rağmen, B hücre aktivasyonundaki rolü daha az karakterize edilmiştir. İnsan germinal merkez B hücrelerinin hem gen hem de izoform seviyelerinde transkripsiyon sonrası düzenlemeyi anlamak için uzun okuma teknolojisi, Oxford Nanopore Technologies (ONT) iş akışını geliştirmeyi amaçladık. ONT’nin zorluklarından biri izoformların doğru hesaplamalı analizidir, bu nedenle uzun okuma dizileme kullanarak farklı ekson dizilim varyantlarını belirlemek için ‘Nexons’ adlı bir iş akışı geliştirdik. Nexons ile yapılan derinlemesine bir ekson dizilim düzenleyicileri analizi, aktivasyon üzerine ekson dizilim faktörlerinin (örneğin SRSF3) zehirli eksonlarının tercihli olarak çıkarıldığını, oysa naif B hücrelerinin zehirli ekson taşıyan izoformları ifade ettiğini ve bu durumun anlamsız arabuluculu mRNA yıkımına yol açtığını ortaya çıkardı. Ayrıca, kısa okuma teknolojisinin sınırlamaları nedeniyle kısa okuma verileri kullanılarak çözümlenmesi zor olan bu genlerin yeni ekson dizilim varyantlarını tanımladık. Sonuç olarak, bulgularımız Nexons’un ONT cDNA-PCR dizileme ile kombinasyonunun, karmaşık izoformların tanımlanması ve nicelenmesi için uygun bir yöntem olduğunu doğrulamaktadır.
Tarih: 20 Mayıs, 2022 – 10:30 AM (GMT+3)
Dil: İngilizce