Sunucu
Doç. Dr. Hatice Ülkü Osmanbeyoğlu
Hatice Ülkü Osmanbeyoğlu, Pittsburgh Üniversitesi Tıp Fakültesi Biyomedikal Enformatik Bölümü ve UPMC Hillman Kanser Merkezi’nde Yardımcı Doçent olarak görev yapmaktadır. Araştırmaları, kişiselleştirici antikanser tedavilerinin geliştirilmesine yardımcı olmak amacıyla hastalık mekanizmalarını anlamak için veri odaklı hesaplamalı yaklaşımlar geliştirmeye odaklanmaktadır. Daha önce Memorial Sloan Kettering Kanser Merkezi’nde (MSKCC) doktora sonrası araştırma görevlisi olarak çalışmıştır. Pittsburgh Üniversitesi’nden Biyomedikal Bilişim alanında doktora derecesini almış ve Carnegie Mellon Üniversitesi’nden Elektrik ve Bilgisayar Mühendisliği alanında yüksek lisans ve Pittsburgh Üniversitesi’nden Biyomühendislik alanında yüksek lisans derecesine sahiptir. Lisans eğitimini Northeastern Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği bölümünde tamamlamıştır (Summa Cum Laude). NIH NCI Pathway to Independence Award, Memorial Sloan Kettering Postdoctoral Research Award ve Innovation in Cancer Informatics Award ödüllerinin sahibidir.
Özet
Özelleşmiş hücre tiplerinin kimliği ve işlevleri, sinyalizasyon ve transkripsiyonel ağlar arasındaki karmaşık etkileşime bağlıdır. Son zamanlarda CITE-seq gibi tek hücreli teknolojiler geliştirilmiş olup, bu teknolojiler hücre yüzey reseptör ifadesinin transkripsiyonel durumlarla eşzamanlı kantitatif analizini mümkün kılmaktadır. Bugüne kadar bu veri kümeleri, hücresel kimlik ve işlevi düzenleyen sinyal ve transkripsiyonel düzenleyiciler arasındaki arayüzün hücre bağlamına özgü haritalarını sistematik olarak geliştirmek için kullanılmamıştır. Bu çalışmada, transkriptomların ve epitopların hücresel indekslenmesinden yararlanarak transkripsiyon faktörlerini (TF’ler) hücre yüzey reseptörlerine bağlayan bir hesaplama yöntemi olan SPaRTAN (Tek hücreli Proteomik ve RNA tabanlı Transkripsiyon faktörü Aktivite Ağı) sunulmaktadır. SPaRTAN, sinyal reseptörlerinin hücre bağlamına özgü TF’lerle bağlantısını tahmin etmek için kandaki bağışıklık hücresi tiplerine uygulanır. Tahminler, önceki bilgiler ve akış sitometrisi analizleri ile doğrulanır. SPaRTAN daha sonra malign peritoneal ve plevral mezotelyomalarda tümör infiltre eden CD8+ T hücrelerinin sinyalleme bağlantılı TF durumlarını tahmin etmek için kullanılır. SPaRTAN, çeşitli hücresel durumlarda TF ve hücre yüzey reseptörü ilişkilerini ortaya çıkarmak için CITE-seq veri setlerinin kullanımını büyük ölçüde geliştirmektedir.
Tarih: 11 Haziran, 2021 – 7:00 PM (GMT+3)
Dil: İngilizce
Webinara kayıt için:
www.bigmarker.com/bioinfonet/Predictive-Cell-Specific-Gene-Regulatory-Models