Sunucu
Julien Y. Dutheil
Araştırmalarım biyolojik evrim mekanizmalarını moleküler düzeyde anlamayı amaçlıyor. Özellikle stokastik süreçlerin incelenmesi ve organizasyonel seviyelerin (diğer bir deyişle “sistemler”) rolü ile ilgileniyorum. Grubumdaki araştırmalar, popülasyon genomiği, yapısal biyoinformatik ve “omik” verilerin istatistiksel analizine uygulanan hesaplamalı yaklaşımları deneysel yaklaşımlarla birleştiriyor.
Özet
Popülasyonlardaki mutasyonların kaderi, onları taşıyan bireyin uygunluğu üzerindeki etkilerine bağlıdır. Bu uygunluk etkisi de mutasyonun genomdaki konumuna bağlıdır: kodlamayan bir bölgede meydana gelen bir mutasyon nötr olarak evrimleşecek yeni bir alel üretirken, işlevsel bir bölgede bulunan bir mutasyon zararlı veya avantajlı etkilere sahip olabilir, bu etkiler ayrıca altta yatan genin işlevine de bağlı olacaktır. Yine de belirli bir gen içinde mutasyonlar çok farklı etkilere sahip olabilir. Bir makromolekül, RNA veya protein kodlayan genler için bu etkilerin önemli bir belirleyicisi kodlanan molekülün yapısıdır. Burada, protein kodlayan dizilere odaklanarak, protein yapısının dizilerin evrimi üzerindeki etkisine ilişkin edindiğimiz bazı bilgileri sunacağım. Özellikle şu soruları soruyoruz: (1) 3D protein yapıları boyunca adaptif mutasyonların dağılımı nedir ve (2) protein yapısı pozisyonlar arasında ne ölçüde birlikte evrim yaratır? Uygunluk etkilerinin dağılımı hakkındaki bilgilerden yararlanmak için karşılaştırmalı genom analizlerine dayandık. İki istatistiksel yaklaşım sunacağım: McDonald-Kreitman yaklaşımının, mutasyonların uygunluk etkilerinin dağılımını modelleyerek uyarlanabilir eşanlamlı olmayan ikame oranlarının çıkarılmasına olanak tanıyan bir uzantısı ve birlikte evrimleşen pozisyonların çıkarılması için kullanılan bir ikame haritalama prosedürü.
Tarih: 4 Eylül, 2020 – 6:00 pm (GMT+3)
Dil: İngilizce
Webinara buradan kayıt olabilirsiniz:
https://www.bigmarker.com/bioinfonet/The-Impact-of-Protein-Structure-on-Sequence-Evolution