Glikolitik Enzimlerde Türe Özgü Allosterik İlaç Tasarımı ve Moleküler Dinamik Simülasyonları ile Analizi

Sunucu

 

Reyhan Metin
Metehan Çelebi

 

Özet

Glikolitik yol, tüm canlılarda ortak olan en temel enerji üretim mekanizmasıdır. Bakteriyel bir glikolitik proteini hedef alarak tasarlanan bir ilaç, aynı protein ve aynı mekanizma her iki organizmada da bulunsa bile, insanlardaki proteinle etkileşime girmez. Katalitik bölgeler proteinin işlevi için hayati önem taşıdığından, bu bölgeler evrim sırasında daha fazla korunurken, allosterik bölgeler yapısal veya sıralı değişikliklere daha açıktır. Glikolitik enzimlerin allosterik inhibisyonunu sağlayan moleküllerin etkilerini incelemek için Kısıtlı Moleküler Dinamik simülasyon yöntemi kullanılmıştır. Diğer MD simülasyonlarından farklı olarak, bu yöntem sisteme parametrelendirilmiş bir ligand eklenmesini gerektirmez. Bunun yerine, ligand ile etkileşime girdiği bilinen kalıntılar belirlenen bölgede sınırlandırılarak, sanki orada bir ligand varmış gibi kalıntıların hareketi kısıtlanır. Bu çalışmada, çeşitli analiz yöntemleri kullanılarak glikolitik enzimlerin allosterik olarak nasıl inhibe edildiği açıklığa kavuşturulmuştur.

Tarih: 7 Mayıs, 2021 – 5:00 pm (GMT+3)

Dil: İngilizce

Webinara kayıt için:

https://www.bigmarker.com/bioinfonet/Species-Specific-Allosteric-Drug-Design-on-Glycolytic-Enzymes-and-Analysis-by-Molecular-Dynamics-Simulations